La Escuela de Ciencias de la Salud  en el campus Ensenada fue aprobada el día 16 de febrero de 2006, en reunión de Consejo Universitario de la Universidad Autónoma de Baja California, con el mismo  programa de Médico que  se imparte en las Facultades de Medicina Mexicali y Facultad de Medicina y Psicología (Tijuana).

La Escuela de Ciencias de la Salud, campus Ensenada, inicia labores académicas  durante el semestre 2006-2, con 45 alumnos.  En el periodo 2009-2 se integró el tronco común, así como se amplía la oferta educativa con la incorporación de la Licenciatura en Enfermería con 15 alumnos.

Las primeras generaciones iniciaron bajo el plan de estudios 2000-2 con carácter flexible, como producto de la revisión y evaluación del mismo, fue modificado e incorporado al proyecto educativo con el enfoque por competencias. El plan de estudios denominado así, por el periodo en que se implementó, como Plan 2010-1 fue aprobado por Consejo Universitario en septiembre de 2009.

En 2009 el Consejo Mexicano para la Acreditación de la Educación Médica (COMAEM), organismo acreditador reconocido por el Consejo para la acreditación de la Educación Superior (COPAES) lo reconoce como programa de buena calidad y otorga la pre acreditación al programa educativo de Médico, al no haber tenido aun el egreso de la primera generación, ni contar con alumnos en Internado Rotativo de Pregrado.

Actualmente se cuenta con el egreso de la primera generación de médicos, y la primera generación de licenciados en enfermería realizando servicio social.  En la actualidad existe un total de 1040 alumnos cursando las carreras de medicina y licenciatura en enfermería, 8 profesores de tiempo completo,  4 técnicos académicos, dos secretarias, un administrador y una directora.

En noviembre de 2012 se genera el Cuerpo Académico en Biomedicina con la participación de Profesores de Tiempo Completo de la Unidad Académica, en estatus de Formación, el cual se enfoca al estudio de las enfermedades infecciosas y crónico-degenerativas combinando herramientas moleculares y epidemiología tradicional para el estudio de la distribución de las enfermedades y sus factores de riesgo. 

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